Schau mal in den Thread, dort hab ich ein paar Tipps gegeben dir dir auch helfen könnten ... und vergiss msconfig, autoruns/procexp rulez .
Führst du die Defragmentierung auch im abgesicherten Modus aus? Weiß nicht ob TuneUp das kann, O&O kanns nicht. Wenn TuneUp auch nicht, versuche mal den Defraggler. Danach, auch wenn Vista das automatisch machen soltle, jedoch nur nach X Bootvorgängen, führe "Start\Ausführen\cmd" "defrag C: -b" aus.
EDIT: Achja um deine Frage zur indizierung zu beantworten: Rechte Maustaste aufs Windows-Laufwerk\Eigenschaften\Hacken bei "Zulassen, dass..." rausnehmen. Sollte aber eig. für den Bootvorgang nicht viel bringen. versuche aber mal vl. vorher die Festpaltte zu prüfen (stellt ev. defekte index-Einträge wieder her), also ebenfalls in den Eigenschaften des LW, Reiter Tools, Fehlerprüfung, alle Hacken an, Tool "starten", Meldung bestätigen und PC neustarten.