Der Trojaner saß irgendwo im Betriebssystem und wenn du das änderst, dann verschwindet auch der Trojaner. Kann natürlich sein, dass der noch irgendwo in den anderen Dateien sitzt...
Das schützen dadurch funktioniert am ehesten, indem man einen aktuellen Virenscanner benutzt und keine Dateien aus Quellen ausführt, die man nicht kennt. Einen der nervigsten Viren, die ich kannte hatte ich z.B. mal durch einen Keylogger oder Crack für ein Spiel vor 8 Jahren eingefangen. Der Virus hat sich dann in nahezu jede .exe-Datei geschrieben, die ich ausgeführt habe. Ich musste das Betriebssystem neu installieren und alle Programme löschen, die ich drauf hatte um den wieder loszuwerden.
Virenscanner ist zwar kein Allheilmittel, aber zusammen mit ein wenig gesundem Menschenverstand hilft das schon ziemlich gut.